var MyEntity = enchant.Class.create( enchant.Entity, {
	initialize: function(scene) {
		enchant.Entity.call( this );
		// シーンを保存
		this.scene	= scene;
		// シーンに追加
		scene.addChild( this );
		// この時点で、this.scene は scene じゃなくなっている
		// addChildした時点でthis.scene が上書かれる
	}
});

こんな感じで、やると、this.scene は上書かれてしまいます。
いやいや、sceneメンバが存在していたとは、盲点でした。
これで結構悩んでしまいました(汗
ライブラリ側とかち合わないように、頭に m_ つけたりするのが良いかもしれませんね。

それ以前に、クラス内のメンバにthisでアクセスしなければならない事を結構わすれて、ダイレクトに書いちゃったりするんですが・・・